Alterar gerenciador de arquivos padrão - Ubuntu 12.04

1º - No terminal :

sudo gedit /usr/share/applications/nautilus.desktop

Procure por:
Exec=nautilus %U



Substitua por:
Exec=pcmanfm %U

Em vermelho coloque o gerenciador que você deseja usar por exemplo: thunar, nemo, dolphin...

Salve o arquivo.

2º - Agora no terminal digite:

sudo gedit /usr/share/applications/nautilus-folder-handler.desktop

Como foi feito anteriormente, você vai procurar por:

 Exec=nautilus %U

Substitua por:
Exec=pcmanfm %U

Em vermelho coloque o mesmo nome do gerenciador, como foi feito acima.

Salve o arquivo e teste.